transformací Geobotanické laboratoře Biologických ústavů ČSAV.
Botanická zahrada vznikala programově od r. 1962, souběžně s přetvářením Geobotanické laboratoře v Botanický ústav. Byla založena v roce 1963 jako paralelní instituce Botanického ústavu. V roce 1968 byly připojena k Botanickému ústavu, který se tak stal správcem Průhonického parku i Botanické zahrady.
Botanický ústav je v současnosti místem dynamického rozvoje vědy a výzkumu v celé škále botanických oborů, počínaje klasickou taxonomiíbiosystematikou a evolucí rostlin a vybraných skupin hub, ekologií, ekofyziologií, fytogeografií a mapováním vegetace, dendrochronologií a studiem anatomie dřeva a konče karyologickými a populačně genetickými studiemi, s rozměrem široké spolupráce na národní i mezinárodní úrovni.